Erste Aufzeichnungen über diese kleine Bergpferderasse sind aus dem Jahr 1603. Die planmäßige Zucht der Huzulenpferde begann 1856 in der damals zur k.u.k.-Monarchie gehörenden Bukowina. Kaiserin Maria Theresia gründete die Gestüte Radautz, das im heutigen Rumänien liegt, und Luczina, das sich in der heutigen Slowakei befindet, um die österreichische Pferdezucht anzuheben. Man begann die Reinzucht der Huzulen mit Koniks, Arabern und englischen Hengsten zu kreuzen, so daß der ursprüngliche Typ fast verloren ging. Die Gestüte versorgten bis zum Ende des Ersten Weltkrieges die österreichisch-ungarische Armee mit zähen, trittsicheren aber auch wendigen Reit-, Zug- und Packpferden. Durch den Krieg verblieb nur ein kleiner Rest der Huzulenrasse. Nach dem Zerfall der Monarchie 1918 wurden die letzten Zuchtpferde des Gestüts Luczina nach Waldhof in Niederösterreich gebracht. Später sind sie dann auf Gestüte in Rumänien, Tschechoslowakei, Polen und Ungarn aufgeteilt worden. 1924 wurde auf Anregung von Rittmeister M. Holländer in der Huzulei wieder ein Zuchtverband und ein Stutbuch gegründet.

1994 wurde die Hucul International Federation (HIF) gegründet. Es ist eine Vereinigung der Länder Polen, Rumänien, Ungarn, Tschechien, Slowakei und Österreich zur Förderung des Fortbestandes der Huzulenrasse, die wegen ihrer geringen Anzahl vom Aussterben bedroht waren. Das Ursprungszuchtbuch für die Huzulenrasse wurde 2003 Polen zuerkannt. Inzwischen wird der Huzule wieder rein gezüchtet.

Ein spezielles Anpaarungsprogramm der EU soll nach Vorgaben der Tierärztlichen Hochschule Hannover Inzucht verhindern. Jedes Jahr werden den Zuchtstuten vom Verband Anpaarungsvorschläge zugewiesen. Die Abstammung wird mittels DNA-Analyse nachgewiesen. Voraussetzung für die Eintragung ins Zuchtbuch ist die Reinrassigkeit über 5 Generationen. Außerdem muß jedes Pferd mit 4 Jahren vor der Zuchtkommission bestehen. Sie beurteilt Exterieur, Gangart und Wesensart. Die Hengste müssen eine Hengstprüfung ablegen, um als Körhengste zum Züchten verwendet werden zu können. Die Fohlen kommen mit ca. 4 Monaten zur Fohlenaufnahme, dort wird eine Haarprobe zur DNA-Analyse entnommen und sie werden mit der Brandmarkung H und ihrer Fohlennnummer bezeichnet.